在整个《地海战记》影片的制作期间,宫崎吾朗与他的父亲之间并无任何交谈,这是因为他们对于宫崎吾朗是否准备好执导这部作品产生争议 。这部影片最初是由宫崎骏来制作,但是因为他正在进行《哈尔移动城堡》的制作所以拒绝接任。吉卜力工作室决定让宫崎吾朗担任这部作品的导演,虽然他不曾制作过任何动画。
在2006年,美国Nausicaa.net网站报道宫崎骏执导另一部动画电影的计划,传闻背景设定在神户。在宫崎骏小组在制作之前造访一间由一对老夫妇经营的咖啡馆,并从山区俯看城市的景色。吉卜力工作室制作日记并未指出这些地区的确切位置。该工作室还宣布宫崎骏已经开始为电影制作故事板,他们使用水彩来制作,因此电影将拥有“不寻常的视觉风格”。吉卜力工作室表示这部动画电影制作时间约为20个月,预计于2008年夏季上映。这部电影的名称在2007年公开宣布为《悬崖上的金鱼公主》。故事围绕一个5岁的男孩宗介与想要成为人类的金鱼公主“波妞”,宫崎骏说这个想法是从丹麦作家安徒生的著名童话故事《美人鱼》得到的灵感 。
2008年年底,宫崎骏提出了“吉卜力5年经营计划”(スタオブリ経営5カ年計画),内容预定是前3年采用年轻的人才发表2部动画、最后2年则预定推出重量级的作品。[24]之后宫崎骏则依序在2010年由米林宏昌执导的《借东西的小人阿丽埃蒂》(玛丽·诺顿原著);以及2011年宫崎吾朗第二部执导作品《来自虞美人之坡》(佐山哲郎、高桥千鹤原著)中担任剧本。
宫崎骏在日本动画界占有超重量级的地位,在“傻呼噜同盟”所著的评论书《日本动画五天王》中,将他与富野由悠季、庵野秀明、押井守、大友克洋并称为日本动画五大天王。
2013年,由宫崎骏导演、铃木敏夫与西村义明以同名人气漫画所改编的动画电影《起风了》上映。
宣布退休;2013年9月1日,日本媒体报道说,曾缔造《千与千寻》、《幽灵公主》等诸多经典电影的日本动漫大师宫崎骏即将退休,《起风了》成为他的封山之作。这一消息由吉卜力工作室社长,同时也是《起风了》制片人的星野康二在威尼斯电影节新闻发布会上证实。日本媒体称,宫崎骏尚未亲口宣布此事,这位在动漫电影圈奋斗近半世纪的巨匠即将离开熟悉的舞台令人惊讶和悲伤。星野康二说,宫崎骏将以正角逐金狮奖的新作《起风了》收官隐退,他本人将于下周在东京召开新闻发佈会宣佈这一消息。