安全隐患；黑暗料理依据相关的国际和国家食品安全标准，“黑暗料理”食品中的微生物学菌落总数、大肠杆菌总数、餐具细菌总数等普遍超标，存在食品安全隐患。服用这类食品后，容易出现腹部绞痛、腹泻和呕吐等症状，大肠杆菌的螺旋毒素作用也可能发展为威胁生命的疾病，如溶血尿毒综合症等，还会升高霍乱、伤寒等疾病的传播可能性。
黑暗料理大多在交通繁忙的马路边，汽车尾气和灰尘常常会飘落在食材、餐具上。由于并非正规的餐饮聚集地，其配套设施也难以跟上，常常出现污水横流、垃圾乱放、蚊蝇满天的情况。
另外，由于缺乏合理的区域规划，很容易造成疾病的交叉传播，如原本存在于垃圾、污水或其他食物的病原体，经过昆虫、粉尘等载体的携带，导致食物受到污染。此外，各种食材通常和其他杂物一同堆放在小车上，缺乏合理的工作区域规划和必要的质保措施。